Salah satu program yang di selenggarakan Sekolah Rakyat Ancol adalah Program Tahfidz Qur’an. Dimana anak-anak yang memiliki potensi dalam menghafal Al Qur’an di beri kesempatan lebih luas dengan disediakan Guru Tahfidz. Bekerja sama dengan lembaga Harum dan Yayasan Masjid Baiturrahman Ancol, program ini sudah menginjak tahun kedua. Para siswa yang ikut program Tahfidz akan dibimbing seminggu 2 kali oleh seorang Hafidz di luar jam sekolah. Selain itu, anak-anak yang sudah mengikuti program ini sering diikutkan dalam lomba-lomba hafalan Qur’an, baik ditingkat kecamatan ataupun walikota.
Program tahfidz Qur’an ini juga menjadi program sekolah bagi seluruh murid. Maksudnya setiap murid di Sekolah Rakyat Ancol mendapat pelajaran tahfidz setiap minggunya. Dengan target setiap siswa Sekolah Rakyat Ancol yang lulus sudah hafal Juz 30.